0755-66814606
案例:优良品种的标签SNP分析揭示了旱稻中重要的等位基因
Lyu J, Zhang S, Dong Y, et al. Analysis of elite variety tag SNPs reveals an important allele in upland rice. Nature communications. 2013, 4:2138.
图1 优良品种标签单核苷酸多态性等位基因(Elite variety tag single- nucleotide polymorphism alleles, ETASs)在染色体上的分布
图2 Nced 基因附近的选择性清除信号
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|
m≥3µg;
c≥30ng/µL |
500bp | HiSeq®PE125 | 10~30X
(建议30X) |
49个自然日
定制化分析另计 |
案例1:通过低深度全基因组重测序有效定位和克隆斑马鱼突变
Bowen ME, Henke K, Siegfried KR, et al. Efficient mapping and cloning of mutations in zebrafish by low-coverage whole-genome sequencing. Genetics. 2012, 190(3):1017-1024.
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|
m≥3µg;
c≥30ng/µL |
500bp | HiSeq®PE125 | 每个群体测
序深度≥30X |
56个自然日
定制化分析另计 |
案例:基于全基因组重测序的高通量分型(Bin Map)
Huang, X, Feng, Q, Qian, Q, et al. High-throughput genotyping by whole-genome resequencing. Genome research. 2009, 19:1068-1076.
图1 基于测序的高通量分型策略示意图
图2 Bin map和重组位点图谱
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|
m≥3µg;
c≥30ng/µL |
500bp | HiSeq®PE125 | 亲本20X
子代0.2X |
70个自然日
定制化分析另计 |
案例:全基因组测序揭示了非洲高粱的遗传改良潜力
Mace ES, Tai S, Gilding EK, et al. Whole-genome sequencing reveals untapped genetic potential in Africa's indigenous cereal crop sorghum. Nature communications. 2013, 4:2320.
图1 群体多样性分析和连锁不平衡分析
图2 两个基因组区域的选择信号
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|
m≥3µg;
c≥30ng/µL |
500bp | HiSeq®PE125 | 5~10X
(建议10X) |
70个自然日
定制化分析另计 |
案例:玉米现代育种过程中引起的基因组遗传改变
Jiao Y, Zhao H, Ren L, et al. Genome-wide genetic changes during modern breeding of maize. Nature genetics. 2012, 44(7):812-815.
图1 玉米穗轴颜色的全基因组关联分析结果
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|
m≥3µg;
c≥30ng/µL |
500bp | HiSeq®PE125 | 5~10X
(建议30X) |
70个自然日
定制化分析另计 |
案例:基于新一代RAD测序的甘蓝高通量标记检测
Bus A, Hecht J, Huettel B, et al. High-throughput polymorphism detection and genotyping in Brassica napus usingnext-generation RAD sequencing. BMC genomics. 2012, 13(1):281.
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|
m≥2µg;
c≥25ng/µL |
500bp | HiSeq®PE125 | 由项目需求的标记量确定 | 49个自然日
定制化分析另计 |
案例:基于RAD标记的快速且性价比高的多态性检测和基因分型
Miller MR, Dunham JP, Amores A, et al. Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD) markers. Genome research. 2007, 17:240-248.
图1 RAD标记统计与分群法定位实验
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
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m≥2µg;
c≥25ng/µL |
500bp | HiSeq®PE125 | 由项目需求的
标记量确定 |
56个自然日
定制化分析另计 |
案例:基于RAD测序的牙鲆遗传图谱构建,QTL构建和比较基因组分析
Shao C, Niu Y, RastasP, et al. Genome-wide SNP identification for the construction of a high-resolution genetic map of Japanese flounder (Paralichthys olivaceus): applications to QTL mapping of Vibrio anguillarum disease resistance and comparative genomic analysis. DNA research. 2015, 22(2):161-70.
图1 基于RAD测序的牙鲆遗传图谱
图2 牙鲆抗鳗弧菌病QTL定位
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
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m≥2µg;
c≥25ng/µL |
500bp | HiSeq®PE125 | 由项目需求的标记量确定 | 70个自然日
定制化分析另计 |
案例:大西洋鳗鱼物种形成的基因组印迹
Jacobsen MW, Pujolar JM, Bernatchez L, et al.Genomic footprints of speciation in Atlantic eels (Anguilla anguilla and A. rostrata). Molecular ecology. 2014, 23:4785–4798
图1 欧洲和美洲的鳗鱼取样点地图
图2 最长的30条scaffold上的Fst统计
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
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m≥2µg;
c≥25ng/µL |
500bp | HiSeq®PE125 | 由项目需求的
标记量确定 |
70个自然日
定制化分析另计 |
案例:高粱农业气候相关性状的群体基因组和全基因组关联研究
Morris GP, Ramu P, Deshpande SP. et al. Population genomic and genome-wide association studies of agroclimatic traits in sorghum. PNAS. 2013, 110(2):453–458.
图1 世界范围内的种质资源起源与遗传关系
图2 花序长度和地理分布数量性状位点等位基因的全基因组关联分析
DNA总量和浓度(Qubit®) | 文库类型 | 测序平台和类型 | 测序策略 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|
m≥2µg;
c≥25ng/µL |
300~500bp | HiSeq®PE125 | 由项目需求的
标记量确定 |
70个自然日
定制化分析另计 |
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