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产品简介
    遗传图谱(genetic map 或 linkage map)是指以遗传标记间重组率为基础构建的标记之间相对位置的线性排列图。基于高通量重测序技术通过对作图群体(RIL,DH,CSSL等)亲本进行高深度全基因组测序(≥20X),子代群体进行低深度测序(≥0.2X), 将一定数量的连续 SNP 作为判断子代重组位点的依据,得到每个子代的全基因组物理重组图谱。然后,利用作图群体中全部的重组位点信息,获得构成重组事件的最小单位(Recombination bin)和Bin map,并利用得到的Bin 作为标记用于后续的连锁图谱构建和QTL定位。
产品优势
产品类型亲本变异图谱检测范围重组位点检测作图标记准确性和有效性遗传图谱和参考基因组的关联文章整体水平
Binmap全基因组直接关联
简化基因组技术不能酶切位点不能间接关联
结果展示
    来源于团队成员共同一作文章:基于Binmap高密度连锁图谱定位玉米开花时间和株高数量性状
    Hongjun Liu, Yongchao Niu, Pedro J. Gonzalez-Portilla, et al. An ultra-high-density map as a community resource for discerning the genetic basis of quantitative traits in maize. 2015. BMC Genomics.
亲本间变异图谱构建子代个体全基因组物理重组图谱绘制
群体中重组位点精确扫描开发群体极限,构建最高分辨率的遗传图谱
遗传图谱和基因组序列的完美适配建立QTL定位,基因挖掘的分子育种平台
经典文献
    Xuehui Huang, Qi Feng, Qian Qian, et al. High-throughput genotyping by whole-genome resequencing. 2009. Genome Research.
    新一代测序技术为重新设计标记开发策略提供了可能。本案例通过对一个水稻的重组自交系群体进行全基因组低深度测序,构建了重组自交系群体的物理重组图谱。利用重组位点信息构建了基因型准确率高达99.94%的高分辨率遗传图谱。利用该方法成功定位了一个影响株高的、包含绿色革命基因的基因组区域,证明了该方法的准确性和有效性。

基于测序的高通量分型策略示意图Bin map和重组位点图谱

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