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叶绿体&线粒体基因组测序
专业的cpDNA & mtDNA提取,极致的基因组序列组装
产品概述

      叶绿体和线粒体是真核细胞内两种重要的半自主性细胞器,编码与自身功能相关的部分基因,在生命过程中起到重要作用。叶绿体和线粒体在研究物种分类与鉴定,系统发育,遗传多样性方面具有重要意义,快速发展的高通量测序技术,使得叶绿体基因组(chloroplast DNA, cpDNA)和线粒体基因组(mitochondria DNA, mtDNA)研究更加方便、快捷。


产品策略


最近成功案例

产品类型已测物种研究策略组装结果
叶绿体基因组测序木兰科31 contig
槲蕨科31 contig
藓科11 contig
唇形科31 contig
马鞭草科31 scaffold
菊科21 scaffold
线粒体基因组测序甲壳类111 contig
甲壳类211 scaffold
蜂类31 scaffold
鱼类131 contig
鱼类231 scaffold

说明:1 contig表示直接组装到一条完整的序列,1 scaffold表示组装到一条序列,序列中还存在少许gap(与物种序列本身特殊性或参考序列同源性有关)。


技术路线


产品优势

  • 项目经验丰富,已完成多个物种
  • 产品策略多样化,可满足客户不同需求
  • 提供cpDNA及mtDNA样品提取,并对提取结果进行PCR验证
  • 组装技术过硬,多个叶绿体/线粒体基因组直接组装到完成图标准

案例分享

瓦勒迈杉叶绿体全基因组测序:结构与进化

Yap J-YS, Rohner T, Greenfield A, Van Der Merwe M, McPherson H, Glenn W, et al. (2015) Complete Chloroplast Genome of the Wollemi Pine (Wollemia nobilis): Structure and Evolution. PLoS ONE 10(6): e0128126. doi:10.1371/journal.pone.0128126 瓦勒迈杉,是南洋杉科下瓦勒迈属(又称沃莱米属)的唯一种,是世界最古老的物种之一,于1994年在澳洲瓦勒迈国家公园的沙岩峡谷中被发现。本文基于高通量测序技术得到了瓦勒迈杉的叶绿体全基因组序列,通过与南洋杉科及同源家族罗汉松科进行叶绿体序列的比较分析,认为瓦勒迈杉与贝壳杉的叶绿体序列最相似,物种关系最近缘。同时发现瓦勒迈杉含有异常多的重复序列,为后续研究物种遗传多样性奠定了数据基础。

图1. 叶绿体基因组图谱 图2. 瓦勒迈杉与贝壳杉叶绿体基因组共线性





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