service@tgs.org.cn

0755-66814606

首页 >市场与支持 > 行业动态
Nature: 解析癌症与“垃圾”DNA
癌症是由多次遗传改变(或突变)而引起的一类疾病。我们从父母那里继承了或强或弱的形成某些癌症类型的遗传易感性;此外,在我们的一生中我们的细胞内也会不断地累积新的突变。尽管已开展了很长一段时间的癌症遗传起源研究,直到现在研究人员仍无法估量基因组一些非编码区域的作用。

来自日内瓦大学(UNIGE)的遗传学家们组成的一个研究小组,通过研究来自结直肠癌患者的组织,成功地解码了我们的基因组中这一未经探索过的、至关重要的组成部分。他们的研究结果发布在《自然》(Nature)杂志上。

为了更好地了解癌症的形成机制,科学家们一直在努力地鉴别有可能促进或触发肿瘤发展的(遗传性或获得性)遗传因子。然而直到现在,还只是在构成基因组2%的编码区域中检测癌症的遗传基础。近期的一些科研进展表明,其余98%的区域并非没有活性:其中包含了一些调控基因表达的元件,因此在癌症的形成中发挥重要的作用。

为了更好地了解这一作用,日内瓦大学医学院遗传与发育医学系教授Emmanouil Dermitzakis和他的研究小组对最常见且最致命的一种癌症:结直肠癌展开了研究。每年,全球有100万的新增结直肠癌病例,大约一半的患者因此丧命。

利用基因组测序技术,日内瓦大学的科学家们比较了来自103名患者健康组织和肿瘤组织的RNA,在广大的基因组非编码区域内寻找了影响结直肠癌形成的调控元件。他们的目的是鉴别出只存在于癌组织中的一些获得性突变的效应,这些突变激活触发了这一疾病。这是一种全新的方法:是第一项研究以如此规模检测癌症患者基因组的非编码区域。

这一研究小组鉴别了两种影响结直肠癌形成的非编码突变。一方面,他们发现一些遗传性的调控性变异在健康组织中并不活化,其在肿瘤中激活似乎促进了癌症发展。结果表明,我们继承的基因组不仅影响了我们罹患癌症的遗传倾向,还影响了它的进展。另一方面,研究人员确定了一些获得性突变对于基因表达调控的影响,它们由此影响了结直肠癌的发生与发展。

研究的主要作者Halit Ongen 说:“定位在基因组非编码区域中、导致了癌症形成与发展的这些元件,与定位在基因组编码区域内的那些元件一样重要。因此在我们整个基因组中分析遗传因子,而不只是像过去一样限于编码区域,将为我们提供更为全面的结直肠癌背后的遗传学知识。”“在这里我们将这一完全创新性的方法应用于结直肠癌,此外还可以应用它来了解所有癌症类型的遗传学基础,”Dermitzakis教授说。

转自:http://www.ebiotrade.com/

Putative cis-regulatory drivers in colorectal cancer

The cis-regulatory effects responsible for cancer development have not been as extensively studied as the perturbations of the protein coding genome in tumorigenesis1, 2. To better characterize colorectal cancer (CRC) development we conducted an RNA-sequencing experiment of 103 matched tumour and normal colon mucosa samples from Danish CRC patients, 90 of which were germline-genotyped. By investigating allele-specific expression (ASE) we show that the germline genotypes remain important determinants of allelic gene expression in tumours. Using the changes in ASE in matched pairs of samples we discover 71 genes with excess of somatic cis-regulatory effects in CRC, suggesting a cancer driver role. We correlate genotypes and gene expression to identify expression quantitative trait loci (eQTLs) and find 1,693 and 948 eQTLs in normal samples and tumours, respectively. We estimate that 36% of the tumour eQTLs are exclusive to CRC and show that this specificity is partially driven by increased expression of specific transcription factors and changes in methylation patterns. We show that tumour-specific eQTLs are more enriched for low CRC genome-wide association study (GWAS) P values than shared eQTLs, which suggests that some of the GWAS variants are tumour specific regulatory variants. Importantly, tumour-specific eQTL genes also accumulate more somatic mutations when compared to the shared eQTL genes, raising the possibility that they constitute germline-derived cancer regulatory drivers. Collectively the integration of genome and the transcriptome reveals a substantial number of putative somatic and germline cis-regulatory cancer changes that may have a role in tumorigenesis.


服务
RNA产品
动植物重测序
微生物产品
表观产品
疾病研究
蛋白组学研究
科学
发表文章
关于我们
公司简介
文化与价值观
联系我们
招贤纳士
招聘需求
在线求职
扫一扫,关注我们
 

地址:深圳市盐田区大百汇科技园9层B区   

电话:0755-66814606

©2018 @深圳市恒创基因科技有限公司 粤ICP备14082833号